Wir befinden uns Ende des 19ten Jahrhunderts auf der Pariser Weltausstellung. Der Junge Erfinder Jean ist mit seinem Onkel nach Paris gekommen, um an einem Flugwettbewerb teilzunehmen. Jean rechnet sich große Chancen aus, mit seinem selbstgebauten Gleiter den Wettbewerb zu gewinnen. Als er noch dabei ist, letzte Überprüfungen am Gleiter vorzunehmen, fährt ein dunkelhäutiges Mädchen auf einem Fahrrad mit einem Löwenbaby vorbei, in das sich Jean sofort total verknallt. Von den Flügeln des Amor getragen folgt er ihr sofort in Richtung Eifelturm, und versucht das was man in unserer modernen Zeit wohl "anbaggern" nennen würde. Leider zeigt nicht nur das kleine Löwenbaby die Krallen, sondern auch Nadia, wie das Mädchen heißt, ist alles andere als beeindruckt, doch hat Jean erstmal keine Gelegenheit weiter "am Ball zu bleiben", da sogleich ein finsteres Trio mit ihrer rothaarigen Chefin Grandis auftaucht, das wahnsinnig gerne den blauen Stein besitzen würde, den Nadia als Halskette umgebunden hat. Diese ist von den Pistolen, die ihr die drei vor die Nase halten nicht sonderlich beeindruckt und verabschiedet sich mit einer akrobatischen Darbietung und einem saftigen Tritt von der Bildfläche. So schnell gibt Jean allerdings nicht auf, und da er ja nicht auf den Kopf gefallen ist, erkennt er sofort, dass Nadia so eine Akrobatik nur vom Zirkus gelernt haben kann. Und tatsächlich trifft er sie auch dort wieder. Doch auch Grandis und ihre Helfer sind nicht die typischen dummen Bösewichte, sondern ebenfalls mit Kombinationsgabe gesegnet und setzen noch einen drauf indem sie schnurstracks zum Direktor marschieren und ihm Nadia abkaufen, die eine Waise ist und die der Direktor nur aufgenommen hatte. Jean kann das natürlich nicht zulassen und rettet Nadia unter vollem Einsatzes seines Lebens aus den Klauen der Ganoven (und auch aus den Klauen ihres seltsamen Gefährtes, das sowohl zu Land, als auch zu Wasser und in der Luft das passende Equipment besitzt.) Unglücklicherweise wird dabei sein schöner Gleiter schrottreif gemacht und die Verfolgungsjagd endet in der Seine... für beide Gruppen! 

Nadia ist zuerst einmal verzweifelt, weil sie nicht weiß, wie es jetzt mit ihr weitergehen soll, so dass Jean einfach beschließt, sie mit nach Hause zu nehmen. Da seine Mutter gestorben, und sein Vater auf See verschollen ist, lebt er mit seinem Onkel und seiner Tante zusammen, die allerdings ganz und gar nicht damit einverstanden ist, Nadia und das Löwenbaby King bei sich aufzunehmen. Doch Jean hat schon eine andere Idee. Schließlich hat der nicht nur einen Gleiter gebaut, sondern auch schon ein richtiges Flugzeug mit Motor erfunden, dem er sogar zutraut, das Mittelmeer zu überqueren und nach Afrika zu gelangen, wo Nadia wahrscheinlich geboren ist und gerne wieder zurückkehren würde. Als dann auch noch Grandis und ihre Begleiter bei Jean auftauchen, bleibt den beiden nichts anderes übrig, als den Flug zu wagen, und somit dem verrückten Trio zu entkommen. Es kommt wie es kommen muss, das Flugzeug stürzt ab und die beiden geraten in Seenot, bis sie ein Kriegschiff an Bord nimmt, das auf der Jagd nach Seeungeheuern ist, die laut Gerüchten schon viele Schiffe zum Sinken gebracht haben, unter anderem auch das von Jeans Vater. Es dauert nicht lange, da treffen sie gleich auf zwei von der Sorte und versuchen sie zu töten. Doch die Ungeheuer sind von den Kanonen des Kriegschiffs wenig begeistert und eines der beiden geht alsbald zum Angriff über. Das Schiff wird schwer beschädigt und Nadia und Jean sowie sein Flugzeug werden beim Angriff von Bord gespült und geraten abermals in Seenot.
Auch dieses mal haben die Kinder Glück, und werden aus ihrer Not gerettet, doch zu ihrer größten Erstaunung ist eines der Ungeheuer der Retter, und was noch unvorstellbarer ist, dieses Ungeheuer entpuppt sich als ein riesiges Unterseeboot, die Nautilus, auf dem Captain Nemo das Kommando besitzt. 

Während Jean total begeistert von dem "Wunderwerk der Technik" ist, ist Nadia gegenüber dem Captain sehr misstrauisch und auch heilfroh, als beide mit Jeans Flugzeug, das von der Besatzung wieder repariert und vollgetankt wurde, wieder von Bord gehen können. Sie gelangen nun auf eine Insel, auf der sie sogleich vom Himmel geschossen werden. Wie sie später aus eigenen Beobachtungen und von einem kleinen Mädchen, deren Eltern Opfer skrupelloser Soldaten geworden sind, erfahren, hat sich auf dieser Insel eine Organisation, die sich selbst Neu Atlantis nennt, breitgemacht, die wie die Nautilus über große Technik verfügt, und die ursprünglichen Bewohner der Insel zur Arbeit im Bergwerk zwingt. Von Besuchern von außerhalb sind die natürlich nicht sonderlich begeistert, was auch Grandis und ihre Helfer feststellen müssen, die sich auf der Jagd nach dem blauen Stein ebenfalls hierher verirrt haben und sogleich von der Organisation gefangengenommen werden. Der Führer der Organisation Gargoyle scheint Nadia zu kennen, und ebenfalls ganz wild auf den blauen Stein zu sein. Für die Beiden und das kleine Mädchen beginnt nun ein Kampf ums Überleben und für den Zuschauer stellen sich viele Fragen. Was ist das Geheimnis des blauen Steins? Wer verbirgt sich hinter Neu Atlantis? Welche Absicht besitzen sie und welche Rolle spielt Nadia und die Nautilus in dem Ganzen?