Haruhi Suzumiyas Ruf an der Schule ist der einer seltsamen Persönlichkeit. Was will man auch erwarten, wenn sich die Person am ersten Tag der Highschool der Klasse vorstellt als jemand, die nicht an Kontakt mit normalen Menschen interessiert sei, sondern bei der sich doch bitte nur Aliens, Zeitreisende oder ESP-Begabte melden sollen.

Trotzdem ist das Mädchen recht aktiv, so besuchte sie eine Vielzahl an Clubs, blieb aber meist nur wenige Tage. Da sie allerdings den Kontakt zu ihren durchschnittsmenschlichen Schulkameraden eher meidet und grundsätzlich Gesprächen aus dem Weg geht bzw. sie sofort schroff beendet, weiß niemand Näheres über Haruhi. Aufgrund ihrer nicht abstreitbaren Schönheit versuchen allerdings hin und wieder Leute mit ihr in Kontakt zu treten, wobei diese natürlich an ihren oben genannten Kriterien sofort scheitern.

Kyon, ein Klassenkamerad von Haruhi, sitzt direkt eine Bank vor ihr. Als rational denkender Schüler befindet er sich mit beiden Beinen auf dem Boden der Realität und verfolgt Haruhis Aktionen eher amüsiert. Umso verwunderter ist er über sich selbst, als er eines Tages versucht ein Gespräch mit Haruhi zu beginnen. Da sie keinen passenden Club für sich zu finden scheint, schlägt er ihr leichtsinnig vor doch einen eigenen zu gründen.

Dies scheint eine Art Initialfunken gewesen zu sein, da Haruhi auf diese Idee bis dato von selbst noch nicht gekommen war. Begierig diese Idee in die Tat umzusetzen schnappt sie sich kurzerhand Kyon, der nun in Haruhis Welt mit hineingezogen wird und bald resigniert aufgibt Haruhi zu wiedersprechen und fortan ihren Anordnungen Folge leistet.
Das Privileg in Kontakt mit Haruhi treten zu können ist zwar eben sehr exklusiv, allerdings kann er mit ihrer Weltansicht zu Beginn recht wenig anfangen, so dass er am liebsten das Ganze rückgängig gemacht hätte.

Da zwei Mitglieder für einen Club recht wenig sind und zudem ein Clubraum gefunden werden muss, macht sich Haruhi natürlich sogleich auf die Suche nach beidem. Die Örtlichkeit findet sich in Form der Räumlichkeit des Bücherclubs, der kurzerhand mit seinem einzigen verbliebenen Mitglied Yuki Nagato übernommen wird.
Yuki, die meist schweigsam in einer Ecke mit einem Buch anzutreffen ist, hat gegen diese Übernahme des Clubs nichts weiter einzuwenden und wird so zum dritten Mitglied von Haruhis Club.

Mobiliar und Einrichtung findet sich derweil hier und dort, einen Computer besorgt man sich einfach aus dem Computerclub, dessen Chef man kurzerhand eine sexuelle Belästigung anhängt und damit erpresst...

Das vierte Mitglied Mikuru Asahina hatte das Pech die Pausen als einzige Schülerin im Klassenraum zu verbringen und wurde so Opfer von Haruhis schulweiter Rekrutierungssuche. Dass sie trotz sofortiger Entkleidung und Cosplaykostümprobe (um weitere Mitglieder zu werben) dem Club beitritt, ist ihr hoch anzurechnen.
Als letztes Mitglied wird sich Koizumi Itsuki einfinden, der Haruhis Kriterien eines seltsamen Austauschstudenten erfüllt.

Der Club, den Haruhi "SOS Brigade" nennt, ist fortan auf der Suche nach Aliens, Zeitreisenden und ESP-begabten Wesen. Ein nahezu sinnloses Unterfangen möchte man denken, doch auf der anderen Seite stellt sich langsam heraus, dass solche Wesen näher anzutreffen sind, als irgendjemand vermutet hätte.

Dabei scheint Haruhi Suzumiya das Ziel des Interesses dieser Leute zu sein, aber was ist das Besondere an Haruhi, dass all diese Gruppierungen Interesse an ihr bekunden?
Doch gerade Haruhi ist es, die von all dem am wenigsten bemerkt. Kyon derweil bekommt langsam Einblick in diese Welt, in der sehr wohl Außerirdische, übersinnliche Wesen und auch Zeitreisende existieren. Auf der Suche nach der Wahrheit und nach der Rolle Haruhis in diesem Universum stehen ihm alsbald Agenten aus allen drei dieser Gruppierungen zur Seite.