Die Geschichte beginnt am 15. Geburtstag der Schülerin Kagome Higurashi, die zusammen mit ihrer Mutter, ihrem Großvater, ihrem kleinen Bruder Sota und dem dicken Hauskater Buyo in einem alten Schrein lebt. Auf der Suche nach ihrem Bruder findet Kagome diesen beim alten Brunnen und erfährt, dass dieser seinen Kater vermisst, sich aber nicht traut den Brunnen hinab zusteigen, um dort nach ihm zu suchen. Kurzerhand entschließt sie sich anstelle ihres ängstlichen Bruders hinunter zu klettern. Plötzlich aber tauchen aus dem vermeintlich leeren Brunnenboden Arme auf, die Kagome in eine Zwischendimension zerren. Sie findet sich von Angesicht zu Angesicht mit einem weiblichen Tausendfüßlerdämon wieder, die ein Juwel erwähnt, das die Schülerin bei sich trägt und aushändigen soll. Kagome aber schafft es sich loszureißen, und findet sich alsbald auf den Grund des Brunnens wieder.
Als sie aber aus den Brunnen klettert, ist von ihrem Bruder, geschweige denn vom Schrein keine Spur mehr zu sehen, statt dessen empfängt sie ein ihr völlig unbekannter Wald ohne Spuren von Zivilisation. Nachdem sie in der rätselhaften Umgebung etwas ziellos herumirrt, stößt sie auf einen merkwürdigen Jungen mit Hundeohren, der getroffen von einem Pfeil an einem Baum hängt.
Von Neugier getrieben, untersucht sie die seltsame Gestalt mit besonderem Augenmerk auf die ungewöhnlichen Ohren, doch wird sie alsbald von einigen Männern, die aus dem Dickicht auftauchen, gefangen genommen. So findet sich Kagome kurz darauf in einem Dorf wieder, in dem sie eine alte Frau trifft, die Kaede genannt wird. 

Jeder im Dorf ist überrascht, wie viel Ähnlichkeit Kagome anscheinend mit Kaedes verstorbenen Schwester Kikyo aufweist. Langsam aber sicher erkennt Kagome, dass sie durch die Zeit in das feudale Japan gereist sein muss und dass der Junge, den sie am Baum sah, Inu Yasha heißt, ein Hanyou (Halbdämon), der einmal in die Miko (Priesterin) Kikyo verliebt war. Doch wurde er angeblich von ihr verraten, woraufhin er versuchte, das Shikon No Tama, ein mystisches Juwel, zu stehlen, das Dämonen unermessliche Macht verleiht und ihn zu einem vollwertigen Dämon, einen Youkai, gemacht hätte. 
So kam es schließlich zum Kampf zwischen den Liebenden, in dem Kikyo trotz schwerer Verletzungen die Oberhand gewann und Inu Yascha von ihr mit einem Pfeil an den besagten Baum, dem Goshinboku, gebannt wurde. Doch auch sie erlag schließlich ihren Verletzung und wurde zusammen mit dem Juwel eingeäschert. 

Kagome bleibt nicht viel Zeit, sich mit den Eigenheiten der Epoche durch Kaede vertraut zu machen, denn in der Siedlung taucht plötzlich der Dämon aus dem Brunnen wieder auf, suchend nach Kagome, die daraufhin aus dem Dorf in Richtung Inu Yasha flieht. Der Dämon holt sie ein und reißt ihr zu aller Verwunderung das verbrannt geglaubte Juwel "Shikon No Tama" aus dem Körper, welches der Dämon sich sogleich einverleibt und so noch mächtiger wird. Kagomes einzige Chance ist Inu Yasha, dessen Kräfte sie durch das Herausziehen des bannenden Pfeils freisetzt. Dieser macht daraufhin mit dem Dämon kurzen Prozess, doch verbessert das Kagomes Situation in keiner Weise, da nun dieser ebenfalls nach dem Juwel trachtet. Kaede und Kagome gelingt es jedoch, ihn mit einer magischen Halskette zu stoppen, die ihn zu Boden zwingt, sobald Kagome den Bannspruch "Osuwari" sagt, was soviel bedeutet wie "Sitz!" oder "Mach Platz!" und Inu Yasha so unter Kontrolle hält. 

Schon bald darauf kommen andere Dämonen, um das Juwel für sich zu beanspruchen, welches jedoch im Eifer des Gefechts zu Bruch geht und die scheinbar unendlich vielen Splitter über ganz Japan verstreut werden. Von da an machen sich Kagome und Inu Yasha notgedrungen auf die Suche nach den einzelnen Splittern und treffen auf weitere Gefährten, wie Shippo, einem kleinen und kindlichen Fuchsdämon, Miroku, einem lüsternen Mönch, auf dessen Hand ein Fluch lastet, und Sango, einer Dämonjägerin in Begleitung des Katzendämons Kirara, deren ganzes Dorf mitsamt Sangos Familie ausgelöscht wurde. 
Bald finden sie heraus, dass Kikyo zurück ins Leben geholt worden ist, und dass der Zwist zwischen ihr und Inu Yasha durch einen Halbdämon namens Naraku gesät worden ist, der Beide damals gegeneinander ausspielte, um in den Besitz des Shikon No Tama zu kommen. Dieser Naraku ist auch für den Fluch Mirokus und der Auslöschung von Sangos Dorf verantwortlich. Es entwickelt sich ein Wettlauf beider Parteien um die Juwelensplitter mit der Frage, ob das dann erneut vervollständigte Shikon No Tama zum Guten gereinigt werden kann, oder von Naraku, durch Hass beschmutzt, für Böses missbraucht wird, und ob Inu Yasha sein Ziel damit erreichen kann, ein vollwertiger Dämon zu werden.