In der Zukunft ist die Umwelt der Erde so geschädigt, dass ein Überleben im Freien ohne technische Hilfe nicht möglich ist. Die restliche Menschheit verteilt sich auf diverse Städte, die wie riesige Lichtkuppeln in der sonst verödeten Landschaft leuchten.

Eine dieser Städte ist "Romdeau". Den Bürgern der Stadt wird ein beschwerdefreies Leben  geboten, was durch einen hohen technischen Fortschritt gewährleistet wird. Sogenannte "AutoReivs", künstliche Lebewesen, unterstützen die Menschen in ihrer täglichen Arbeit und dienen meist als deren Assistenten. Die neueste Generation ist bereits soweit entwickelt, dass sie äußerlich nicht mehr von ihren menschlichen Vorbildern unterscheidbar sind und werden auf Grund ihres menschlichen Aussehens zum Beispiel als Kindersatz für kinderlose Familien eingesetzt.

In diesem Utopia gibt es jedoch auch Schattenseiten. Die Bürger stehen unter ständiger Überwachung durch das System, damit dem beschwerdefreien Leben in dieser Metropole nichts im Wege steht. Jedoch droht Chaos von ganz anderer Seite. Der sogenannte "Cogito Virus" befällt AutoReivs und lässt diese sich ihrer eigenen Existenz bewusst werden. Dadurch sind sie nun nicht mehr Werkzeuge der Menschen, sondern versuchen ihren eigenen Sinn für ihre Existenz zu ergründen.
Eine spezielle Einheit namens "AR Control Devision" entsorgt solche AutoReivs und versucht so eine Verbreitung des Virus zu verhindern.
Vincent Law, ein Immigrant aus Mosk gehört dieser Einheit an und versucht den Anforderungen eines "guten Bürgers" gerecht zu werden. Sprich ein gut funktionierendes Zahnrad im Uhrwerk der Gesellschaft zu sein.

Sein altäglicher Trott wird jedoch jäh unterbrochen, als er in eine Serie von mysteriösen Morden an AutoReivs verwickelt wird und somit die Aufmerksamkeit von Re-l Mayer auf sich zieht. Re-l (wie engl. "Real" gesprochen) ermittelt im Auftrag des "Intelligence Bureau" an eben jener Mordserie, die von AutoReivs, welche vom Cogito Virus befallen waren, begangen wurde. Als Enkelin des Stadtoberhauptes Donov Mayer kann sie Zusammenhänge sehen, die anderen verborgen bleiben, jedoch werden so auch Fragen aufgeworfen, die sie nicht in Ruhe lassen. Zur Seite steht Re-l ihr AutoReiv Assistent "Iggy", der ihr zwar hörig ist, aber auch ihre Aktivitäten überwacht und protokolliert. Ähnlich ergeht es Raul Creed den Chef des "Intelligence Bureau", dem der AutoReiv Kristeva assistiert. Er hat das Privileg  persönlich zum Regenten sprechen zu dürfen. Doch auch in ihm keimen im Laufe der Zeit Fragen auf, auf die er keine zufriedenstellende Antworten erhält.

Als ein monsterähnliches Wesen zudem auftaucht, das als "Proxy" identifiziert wird und Jagd auf Vincent macht, stellt sich nicht nur die Frage nach dessen Herkunft sondern auch nach Vincents Rolle in all diesen Vorfällen. Während die Regierung sowohl über die Existenz des Proxys weiss und in ihm wohl auch das Überleben der Menschheit begründet sieht, bleibt dessen Ursprung zunächst im Dunklen.

Sowohl von dem dämonisch wirkenden Proxy gejagt, als auch verfolgt von Re-l Mayer, die nach einer Heimsuchung durch einen zweiten Proxy gefühlsmäßig zutiefst aufgewühlt wurde, flieht Vincent in die tiefen Katakomben von Romdeau und scheint dabei einem geheimen Fluchtweg aus der Stadt zu folgen.

Auf seiner Flucht trifft er "Pino" ein Deluxe AutoReiv Modell in Kindesgestalt und Häschenkostüm, die durch den Cogito Virus ebenfalls menschliche Gefühle entwickelt hat. Zusammmen mit ihr gelingt es ihm Romdeau zu verlassen und so findet er sich in der menschenfeindlichen Außenwelt wieder, die trotz allem nicht so unbewohnbar ist wie zunächst vermutet.

Zusammen mit Pino beginnt eine strapaziöse Reise, an deren Ziel, in seiner früheren Heimat Mosk, er sich Antworten über sich selbst erhofft. Auch Re-l sieht nach ihrem Vorfall mit dem Proxy, bei dem ein seltsamer Vorgang des "Awakening" mit ihr stattfand, den Schlüssel zu der mysteriösen Mordserie in Romdeau in Vincent verborgen. Nach weiterer Recherche und durch Hilfe ihres langjährigen persönlichen Freundes und Arztes Daedalus, werden ihr zwar weitere Antworten geliefert, jedoch genau soviele neue Fragen aufgeworfen. So beschließt sie Vincent zu folgen um durch ihn die Wahrheit über Romdeau, den Cogito Virus, den Proxys als auch Vincent zu erfahren.