Shinichi Kudo ist zwar noch Oberschüler, aber hat sich als Schülerdetektiv schon einen großen Namen gemacht und ist fast unentbehrlich für die Polizei. Er löst jeden Fall im Handumdrehen, ist obendrein noch ein klasse Fußballspieler und hat auch ein super Mädchen zur Freundin. Auch die Tatsache, dass  seine Freundin Ran ein Karatefreak ist, und ihn, immer wenn er zu sehr den Angeber raushängen lässt, schlagkräftig auf den Boden der Realität zurückholt, stört ihn nicht weiter. Shinichi ist durch nichts aus der Ruhe zu bringen. Da müssten schon zwei Gangster von einem geheimen Syndikat kommen, und ihm ein giftiges Serum verpassen, das ihn zu einem kleinen Jungen schrumpften lässt.
Pech für Shinichi, denn genau das passiert, als er zufällig zwei Männer in Schwarz bei einer Übergabe beobachtet und daraufhin von ihnen entdeckt wird. Um den lästigen Zeugen zum Schweigen zu bringen, verabreichen die zwei ihm ein neuartiges Gift des Syndikats, das tödlich wirken soll, aber noch nicht getestet wurde. Es kommt so, wie es kommen muss, Shinichi überlebt das Ganze, ist aber von diesem Tage an auf die Größe eines Kleinkindes geschrumpft.

Hilfesuchend geht er zu seinem Nachbarn Professor Agasa, einem etwas explosionswütigem Erfinder, in der Hoffnung, er könne ihm seinen erwachsenen Körper zurückgeben. Doch ohne das Gift zu kennen, kann selbst das große Genie nichts ausrichten, und Shinichi muss sich erst mal mit seinem Schrumpfkörper abfinden. Da seine Eltern sowieso im Ausland leben, beschießt Shinichi erst einmal bei Ran und ihrem Vater unterzutauchen, der eine Detektei betreibt, ein idealer Ort, um Nachforschungen über das Syndikat anzustellen, und da er die zwei nicht in Gefahr bringen möchte, verheimlicht er seine wahre Identität und gibt sich als Conan Edogawa aus. Sein Vorhaben gestaltet sich allerdings schwieriger als erwartet, denn Rans Vater Mori ist gelinde gesagt eine totale Niete in seinem Beruf, so dass Shinichi wahrscheinlich in jedem Cafe und an jeder Straßenecke mehr über das Syndikat herausfinden würde, als in Moris verstaubter Detektei und so bleibt Shinichi nichts anderes übrig als Mori mit seiner cleveren Spürnase zu neuem Ruhm zu verhelfen. Doch das ist gar nicht so einfach, wie man glaubt. Jeder, der schon mal in einen kleinen Jungen zurückverwandelt wurde, weiß genau, dass man noch so kluge Schlussfolgerungen und logische Argumente bringen kann, kein Schwein hört einem zu und niemand beachtet einen.
Zum Glück kann auch hier wieder Professor Agasa aushelfen, denn der hat tatkräftig wie er ist, auch ein paar nette Spielereien für den kleinen Conan erfunden, u.a. eine Fliege, die einem erlaubt, jede beliebige Stimme zu imitieren und ein Narkosekronometer, samt Munition mit einschlafender Wirkung, eine Erfindung, für die Mori von da an des öfteren seinen Kopf, Nacken, oder andere Körperteile hinhalten muss. Während der dann nichts ahnend seine Schäfchen zählt, benutzt Conan Moris Stimme und löst den Fall. So kommt es, dass Moris Detektei in kurzer Zeit zu neuem Leben erwacht, und er bald als Koryphäe seines Faches angesehen wird. Doch von den Männern in Schwarz fehlt immer noch jede Spur und auch Ran macht langsam Probleme, da sie die Ähnlichkeit zwischen Conan und Shinichi erkennt, und fest entschlossen ist, das Geheimnis um sein Verschwinden zu lüften.   
Jede Menge Probleme also für unseren Shinichi aka Conan, und das Schlimmste wurde hierbei noch gar nicht erwähnt, denn er muss noch mal mit den anderen Kindern die Schulbank in der Grundschule drücken, wäre schließlich auffällig, wenn ein kleiner Junge das nicht tun würde.