Wir befinden uns auf dem Mars im Jahre 2071. Kurz vor Halloween jagt Faye in ihrem Raumgleiter gerade einen Hacker, als es in Alba City ganz in ihrer Nähe zu einem Zwischenfall kommt. Aus einem Lastwagen, in dem sie selbigen Hacker vermutet hatte, steigt ein großer dunkler Mann aus mit einem auffälligen Tatoo auf der Handfläche, und wenige Sekunden später wird der Lastwagen durch eine gewaltige Explosion in seine Einzelteile zerlegt. Doch als ob das noch nicht genug Aufregung verursachen würde, fallen kurz darauf die sich in der Nähe befindenden Passanten tot zu Boden, als wären sie das Opfer eines biologischen Kampfstoffangriffs geworden.

Zurück auf der Bebop können Faye und ihre Partner Spike, Jet, Ed und Ein das ganze Spektakel über die News noch einmal Revue passieren lassen, nicht ohne die Information, dass ein bis dato unbekannter und nicht nachweisbarer Kampfstoff für das Sterben verantwortlich ist, und auf den Hintermann des Anschlags ein stattliches Kopfgeld von 300 Millionen Woolong ausgesetzt wird. Eine Summe, die unseren "Cowboys" ganz recht wäre, um ihre kohlehydratreichen Mahlzeiten der letzten Wochen in Form von Instant Nudelsuppen mit ein wenig Proteinen aufbessern zu können.

So machen sich also die Kopfgeldjäger zu Nachforschungen auf, um dem Übeltäter auf die Spuren zu kommen, wobei die Teamarbeit - wie schon desöfteren aus der Serie zu entnehmen - nicht zu ihren großen Stärken zählt und jeder von ihnen andere Spuren verfolgt. Jet sammelt Informationen bei einem seiner früheren Kollegen, die einen Pharmakonzern mit dem Kampfstoff in Verbindung bringen. Faye und Ed sind weiter auf der Jagd nach dem Hacker, der mit dem mysteriösen Mann aus dem Lastwagen in Verbindung zu stehen scheint. Währenddessen schaut sich Spike auf dem Schwarzmarkt um, und stößt nach einigem Stöbern in dunklen Winkeln auf eine Murmel, die eine Abart von Lymphozyten enthält (Lymphozyten = weiße Blutkörperchen, die für die spezifische Immunabwehr im menschlichen Körper von Bedeutung sind und im Knochenmark hergestellt werden), die unter Wärmeeinfluss in Nanomaschinen zerfallen (Nanomaschinen = mikroskopisch kleine Maschinen, die aus Proteinen bestehen).

Um sich einige Antworten über diesen mysteriösen Fund zu holen, stattet Spike dem Pharmakonzern einen Besuch ab. Er trifft aber dort auf eine Übermacht an Widerstand, vor allem in Form von Elektra, einer sexy Agentin, die das gleiche Tatoo wie der Attentäter trägt, und der auch mit Spikes klassischer Kampfbesen Technik nicht beizukommen ist. So muss Spike, statt Antworten nur mit neuen Fragen im Gepäck, klein beigeben.
Doch schaffte es Spike wenigstens bei Elektra eine Wanze zu deponieren, und so erfährt er, dass der Konzern mehr über den Attentäter namens Vincent Voolaju und dessen Hintergründe weiß. Als dieser an einer Bahnstation lokalisiert wird, ist auch Spike zur Stelle, wo es zur ersten Auseinandersetzung von Angesicht zu Angesicht kommt.